A finales del siglo XV, el área de distribución de la P. onca era mucho mayor que en la actualidad; su límite septentrional se ubicaba mucho más al norte en América del Norte, encontrándose en parte de California, Texas y Nuevo México, en los actuales Estados Unidos; su límite meridional se encontraba hacia los 40º S, en Chubut, Argentina. Desde entonces hasta la actualidad, el jaguar ha sido exterminado por el hombre fuera de las áreas más selváticas o inaccesibles.
El jaguar vive en una extensión actual de terreno estimada en 8.75 millones de km², y se estima que a largo plazo tenga una probabilidad de permanencia en más de de 6 millones de km ² (Sanderson et al., 2002). Aun así no hay que bajar la guardia, ya que está amenazado por la pérdida continua de hábitat y la persecución por su hermoso cuerpo y bien dibujada piel. Junto a la fragmentación del hábitat estas son las principales amenazas por la que se le considera próximo a la amenaza, esperando que no salte el umbral. Y es que si las amenazas continúan, se prevé que pase a ser vulnerable a nivel mundial en un futuro próximo.
Su hábitat está constituido por una gran variedad de ecosistemas: selvas tropicales de la cuenca amazónica, bosques de hoja caducifolia, bosque húmedos, zonas de matorral, llanuras herbáceas y zonas ribereñas, sabanas pantanosas y matorrales espinosos áridos. Aparentemente tolera una gran variedad de condiciones ambientales, pero se caracteriza principalmente por su estrecha asociación con hábitats húmedos próximos a cursos de agua y con coberturas vegetales densas, al igual que aquellos con presas abundantes; por ello es más abundante en los bosques húmedos tropicales de Centroamérica y Brasil, y su presencia disminuye en las montañas, donde es sustituido por el puma.
El jaguar y el puma (Puma concolor) sobreponen sus áreas de distribución, pero dividen dicho territorio, por lo que se asume que las dos especies difieren ecológicamente y de esta manera pueden coexistir de manera estable. El puma además utiliza zonas más secas y aprovecha presas más pequeñas que el jaguar donde sus áreas se sobreponen.
El área de distribución de la especie ha venido sufriendo una serie de cambios debido a la expansión agrícola y pecuaria, la transformación de suelos para cultivos y ganadería, ha reducido su hábitat y el de sus presas considerablemente. (Romero et al. 2004).
En la Orinoquia colombiana, tanto el río Bita, como el Tomo y Tuparro aún mantienen el 85-95% de sus ecosistemas intactos (Romero et al. 2004).
Actualmente se distribuye por América, desde el suroeste de los Estados Unidos y el sur de México, hasta el sur de Brasil y el norte de Argentina (en las provincias de Salta, Jujuy, Formosa, Misiones, El Chaco y Santiago del Estero). Se le puede encontrar hasta a 3.300 metros de altitud.
La mayoría de los jaguares viven en las partes templadas de Sudamérica, a lo largo de los grandes ríos Paraná, Paraguay y Uruguay. La población más grande se encuentra en la cuenca del Amazonas, donde hay un jaguar adulto por cada 15 km2.
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